Den Kies, wenn er nicht gerade völlig verunreinigt war, kannst du als Grund wohl ausschließen.
Dann war es schon eher der Nährboden, was hast du denn da genommen?
Mir ist aber noch nicht so ganz schlüssig, wo der hohe Nitritwert herkommt.
Einen 50%igen Wasserwechsel solltest du ruhig wenige Tage nach dem Einsetzen der Fische machen.
Bodensauger, oder eine Mulmglocke machen wenig Sinn, wenn du Nährboden verwendest.