Glaube nicht, dass das ein Problem ist. Was anderes sind ggf. Würmer, die aus mit Exkrementen oder sonstwie verschmutzten Gewässern stammen. Auch würde ich nicht in jedem beliebigem Tümpel fischen gehen, aus Angst, mir da Libellenlarven o.ä. einzufangen. Auch die Ernte aus der Regentonne guck ich mir an - meist nur schwarze MüLas und ggf. im Hochsommer ein paar rote.
Jedes Blatt, das Du ins Becken legst, trägt Bakterien und Kleinstlebewesen ins Becken ein, die sich dann vermehren. Sofern Du dir nicht immer sehr, sehr gründlich die Hände wäschst, trägst Du auch jedes Mal Bakterien ins Becken ein, wenn Du da was drin machst. Wenn Du Handschuhe trägst, die nicht direkt aus einer sterilen Verpackung kommen, trägst Du Bakterien ein, Wenn du die Futterflocken mit der Hand aus der Dose nimmst und zerkrümelst, bringst Du Bakterien ins Becken ein.
Man muss ein bisschen darauf vertrauen, dass das Becken das abkann bzw. dass nicht alle Bakterien und Keime, mit denen es in Kontkat kommt, Nahrung darin finden und auch ungünstig für seine Entwicklung sind. Man kann es eh nicht kontrollieren, was sich an Bakterien und Kleinstlebewesen darin entwickelt. Ein bakterienfreies Becken wäre tot.