Hallo!
Wenn beim Eheim aquaball das Filterschwammreinigen zu braunem Wasser führte, ist das o.k.. Die Filtermaterialien müssen nicht klinisch rein werden. Das Beste wäre, den Filter z.B. in einem Eimer sofort wieder laufen zu lassen - wegen der Bakterienkulturen, wie bereits gesagt wurde. Solltest Du trotzdem Filtermaterialien erneuern wollen, dann am besten nicht alle auf einmal, sondern nur einzelne Filterschwämme, sonst kippt das biologische Leben des Filters.
Gruß
Carsten