Benenne mal den alten und den neuen Filter (Hersteller, Typ).
Im alten Filter sitzt zu 90% deine Bakterienflora. Wenn Du die wegschmeisst, gibt es sehr wahrscheinlich Probleme mit dem Nitrit.
Entweder parallel zueinander laufen lassen oder den Filterinhalt aus dem alten in den neuen Filter tun (wenn's passt).