Regenwasser ist für den Trinkwasserbereich problematisch: In der Regel gelangt das mit Vogelkot, Laub, Staub und sonstigen Verunreinigungen versetzte Wasser ohne oder mit einer nur geringen Vorbehandlung in die Zisterne. Aufgrund der möglichen bakteriellen Belastung muss es mindestens gründlich entkeimt werden (zum Beispiel durch Abkochen), ehe es als Trinkwasser eingesetzt wird.
Doch auch bei einer Verwendung als Brauchwasser muss mit Geruchsproblemen gerechnet werden, weil organische Substanz in der Zisterne Faulungsprozesse bewirken kann.